В состав диспансера входят:

• Диагностические отделения: Отделение лучевой диагностики, клинико-диагностическая лаборатория, патологоанатомическое отделение, эндоскопическое отделение, отделение радиологии
• Клинические отделения: Онкологическое отделение хирургических методов лечения абдоминальной онкологии и рентгенхирургичеких методов диагностики и лечения, онкологическое отделение хирургических методов лечения опухолей молочной железы, онкологическое отделение хирургических методов лечения онкогинекологии, отделения радиотерапии №1 и №2, отделения противоопухолевой лекарственной терапии №1 и №2, отделение анестезиологии и реанимации, кабинет трансфузиологии, приемное отделение
• Административно-управленческие подразделения: бухгалтерия, отдел кадров, планово-экономический отдел, отдел закупок, инженерно-техническая служба, юридический отдел
• Поликлиническое отделение
• Отделение централизованного разведения цитостатических лекарственных средств
• Организационно-методический отдел
• Централизованные вспомогательные отделения: Отдел медико-физического сопровождения отделения радиотерапии, центральное стерилизационное отделение, отдел по организации лечебного питания, отдел клининга, гараж